杭锦旗公安局共设部门29个，其中派出所10个，其他部门19个：督察大队、指挥中心、政治部、治安大队、国保大队、法制大队、 警务保障室、经侦大队、网安大队、情报大队、信访室、纪检监察室、看守所、刑警大队、科通大队、禁毒大队、巡逻防暴大队、出入境管理大队、处置和预防非法吸收公众存款办公室、锡尼镇第一派出所、锡尼镇第二派出所、锡尼镇第三派出所、伊和乌素第一派出所、伊和乌素第二派出所、巴拉贡派出所、呼和木独派出所、吉日嘎朗图派出所、独贵塔拉派出所、塔然高勒派出所。
二、职能职责
（一）贯彻执行国家、内蒙古自治区有关公安工作的方针、政策和法规、规章；部署、指导、监督、检查全旗公安工作。
（二）掌握影响全旗社会稳定、危害国内安全和社会治安的情况，分析形势、制定对策；协调、处置重大治安事故和群体性事件；部署、指挥重大警务活动。
（三）组织指导全旗公安机关侦查工作；负责侦办各类影响重大的犯罪案件。
（四）负责全旗公安治安管理工作；指导、监督全旗公安机关依法查处危害社会治安秩序行为；指导、监督全旗公安机关治安保卫、治安防控工作；负责依法开展人口、户籍管理工作。
（五）负责全旗公安出入境管理工作；组织开展同外国及港、澳、台警方的交往与业务合作。
（六）负责全旗公安消防管理工作；指导、监督、协调消防监督、火灾预防、火灾扑救和公安应急抢险救援工作。
（七）监督并依法开展全旗公安机关对公共信息网络的安全保卫工作。
（八）负责全旗防范、处置、打击邪教等非法组织、恐怖活动及毒品违法犯罪活动。
（九）负责全旗公安机关内部执法监督工作；指导、监督并依法办理收容教养、劳动教养审批工作。
（十）负责有关党和国家领导人以及重要外宾的安全警卫工作。
（十一）指导并组织实施全旗公安科学技术工作和技术安全防范工作。
（十二）指导、规划并组织实施全旗公安信息化建设；负责全旗公安信息通信保障工作。
（十三）负责全旗公安机关经费、装备、被装的规划和实施；负责警务后勤保障工作。
（十四）指导、监督全旗公安机关监管场所的管理和建设工作。
（十五）负责全旗公安队伍建设和公安宣传工作；按规定权限管理干部；查处、督办全旗公安队伍重大违纪案件；组织指导全旗公安机关警务督察工作；负责受理、查办涉及公安机关的信访控告申诉案（事）件，督促、检查、指导全旗公安信访工作。
（十六）指导林业公安机关公安业务工作。
（十七）履行法律赋予的其他职责，承办杭锦旗党委、政府和鄂尔多斯市公安局交办的其他事项。
三、部门收支概括：
（一）收入预算：2016年年初预算财政拨款6160.74万元，其中本级财政安排5513.74万元，上级专项647万元；
（二）支出预算：2016年年初预算财政拨款支出6160.74万元；
四、财政拨款支出预算:
2016年财政拨款预算收入6160.74万元，具体安排如下：
（一）基本支出：2016年年初预算数为5513.74万元，主要保障我局正常运转，完成日常工作任务而发生的各项支出。
1、职人员工资福利支出3835.08万元；
2、商品和服务支出（公用经费支出）1099.50万元；
3、个人和家庭的补助支出579.16万元，其中是公安人员加班补助112.9万元，犯人给养费27.6万元，退休人员工资413.76万元，抚恤人员工资24.9万元；
（二）项目支出：2016年年初预算数为647万元，资金来源为上级专项中央转移支付资金，主要保障公安侦查办案及办案业务装备配备等方面的支出。
