博物馆共有3层5个展厅。常设展厅包括：一楼的历史文化展厅，展陈面积825㎡，共分为四个单元：1.自然孕育的生命——地质年代的杭锦旗；2.文化交融的浪潮——新石器时代到先秦时期；3.相生相融的家园——秦汉到隋唐时期；4.多民族的大家庭——宋元到明清时期；一楼的民俗文化展厅（游牧文化）和二楼的民俗文化展厅（农耕文化），两个展厅展陈面积共960㎡，共分为四个单元：1.农牧经济共生；2.礼仪禁忌文化；3.文艺竞技特色；4.宗教信仰多元；二楼的穿沙事迹展厅，展陈面积428㎡；三楼的现代珍玩展厅，展陈面积572㎡；临时展厅包括三楼的书画展厅，展陈面积约530㎡。

　　2020年，杭锦旗综合博物馆被评为国家AA级旅游景区，是一个集展览、收藏、研究和教育为一体的县级博物馆。

　　博物馆现实施免费开放政策，每周开放时间不少于42小时，周六日及节假日正常开馆。近年来，博物馆年均接待人数总量达万人以上，是展示杭锦历史文化的重要平台。也是民族团结教育的重要阵地，对于增进文化认同、维护民族团结等方面发挥着重要作用。