杭锦旗综合博物馆建于2009年，位于杭锦旗锡尼镇广场南，总占地面积2500平方米，其中展示面积约1500平米。博物馆一楼为旅游集散中心及文化长廊、二楼为穿沙精神纪念展厅和草原文化展厅、三楼为历史文化展厅。博物馆现有馆藏文物1000余件套，国家一级文物1件，国家二级文物3件，国家三级文物43件，借展文物1400余件。是一个集展览、收藏、研究和教育为一体的县级博物馆。2020年，杭锦旗综合博物馆获评国家AA级旅游景区。
博物馆一楼设有游客集散中心及文化长廊。其中，文化长廊图文并茂展示了杭锦旗各个时期的文化发展成果。游客集散中心，配备医务室、母婴室、综合大厅等功能齐全，另有服务台、储物柜、售货台等基础设施完善，同时设专门的博物馆导览指引区，为群众提供清晰明了的导引服务。
博物馆二楼设有穿沙精神纪念展厅和草原文化展厅两个展厅。其中东侧为穿沙精神纪念展厅，用投影、图片、文字、雕塑及实物摆放的纪实手法展示了杭锦旗“解放思想、敢为人先、不屈不挠、艰苦奋斗”的穿沙精神。西侧为草原文化展厅，展有青铜器、瓷器、陶器等在内的个人藏品1400余件，见证了各民族团结统一、兼容并蓄、相互依存、共同发展和共同进步的历史。
三楼是历史文化展厅，厅内展有古生物化石展、石器时代石器展、鄂尔多斯青铜器展、秦汉时期青铜器展等文物1000余件，其中，国家一级文物1件、国家二级文物3件，国家三级文物43件，以历年收藏和杭锦旗范围内挖掘出土文物为基本素材，展示了杭锦历史文物考古及相关文物领域文物研究保护工作成果。
博物馆实施免费开放政策，每周开放时间不少于45小时，周六日及节假日不休息，近年来博物馆年均服务人次达2万人次。馆内提供文物征集、文物研究、文物收藏、文物保管、文物保护、文物讲解、文物咨询等相关服务，并通过“服务农牧民”“文物进校园”“主题宣传日”等活动强化文物工作周边服务。
