库布其沙漠（时称库结沙）中，为当时地北交通要冲。丰州汉族人口约万人，还有大量突劂、吐谷浑人。北宋初年，在丰州居住的民族有藏才部、突劂人和吐谷浑人。其首领王承莫，受宋封号为丰州防御史。与宋交往甚多，常向宋朝献马、卖马。率所属各族人，与契丹人作战多次，后来又几次与西夏军对抗，皆不屈。王承莫还加筑旧丰州城。其后，丰州终为西夏所并。宋朝丰州迁到今府谷以北。丰州古城被废弃。

　　元代，杭锦旗境域属陕西行省的延安路和甘肃行省的乌刺海路。

　　明朝于洪武、永乐年间（公元1368—1424年），屡次对退居漠北的故元势力实行“犁庭扫穴”式的征战，在沿边一带设立许多军事卫所，鄂尔多斯地区属东胜左、右二卫管辖。嗣后，明朝又沿长城一线陆续设置9个军事重镇，称为“九边”，鄂尔多斯地区属“九边”之一的榆林镇（今陕西省榆林）。十五世纪六十年代始，蒙古鞑靼部所属各部先后入居鄂尔多斯地区，明朝为保障西北边境安全，屡次对鄂尔多斯地区蒙古各部用兵，称为“剿套”、“搜套”、“复套”，然而徒然靡兵费饷，不能达到目的，只好修筑1000多里长的边墙，自此倚边墙而守，放弃河套。

　　公元1510年，巴图孟克达延汗统一蒙古各部，为便于统辖，恢复万户组织。鄂尔多斯万户此时为右翼三万户主干，驻牧河套。1551年，鄂尔多斯衮必力克莫日济农将部众一分为九，分给九个儿子统领，第三子“卫达尔玛据右翼达拉特杭锦，墨日更巴罕二部”。

　　清太宗天聪九年（公元1635年），清军渡黄河西察哈尔部林丹汗 儿子额哲，鄂尔多斯部给清军献千户，济农额璘臣与清军订立盟约，承认是清朝藩属。清顺治六年（公元1649年），鄂尔多斯部大扎木苏等人叛变清朝，济农额璘臣和同族固鲁岱青善丹、小扎木苏等没有参与。受到清朝嘉许，被封爵差位。是年，清朝在鄂尔多斯设旗，卫达尔玛的第四代后裔小扎木苏，受任鄂尔多斯右翼后旗（又名杭锦旗）第一任札萨克。鄂尔多斯诸旗属内札萨克，同属伊克昭盟。各旗札萨克轮流担任盟长、副盟长职务。除理藩院外，还受绥远城将军及陕西神木县理事司员、宁夏理事司员的监督控制。清乾隆五年（公元1740年），划定各旗边界。杭锦旗境域北至五加河，包括现在杭锦后旗大部、五原县、乌拉特前旗、临河市的一部分，面积约8.37万平方里。清朝中期，有汉民零星垦种于后套。清光绪二十九年（公元1903年），清政府实行“旗厅并置”，析置五原厅，管理后套垦务及汉民事务。1914年，伊克昭盟各旗隶归绥远特别区（1929年改省）。在后套地区，五原、临河等县相继设立。1941年，横跨杭锦旗和鄂托克旗的“桃力民办公室”（县级建置，1943年改为桃力民办事处）设立，辖杭锦旗黄河以南的近1/3面积。1942年夏，傅作义将军在后套地区实行新县制，杭锦旗只管理后套辖地日渐减少的蒙民及其事务。1949年9月19日，绥远省和平解放。12月，杭锦旗临时人民政府成立（后改为杭锦旗人民自治政府、杭锦旗人民政府）。1951年9月，桃力民中心区（由桃力民办事处改设）被撤销，所辖地区依照历史隶属关系分别划归杭锦旗和鄂托克旗。同年，中共伊克昭盟盟委派人参加后套地区的土地改革，杭锦旗后套辖区大部划归米仓县（1953年9月改为杭锦后旗）。到1953年8月，杭锦旗的后套辖区全部归入杭锦后旗、临河县、安北县和五原县。至此，历史上遗留下来的“旗县并存”问题得以解决。