杭锦旗，商周时为方、羌方、龙方和猃狁等民族游牧之地。约在公元前十世纪，西伯姬昌派大将南仲北逐猃狁，并在杭锦旗北境修筑朔方城，加强了北部边境的军事防御。

　　春秋战国时期，杭锦旗境为匈奴游牧地。1973年，在杭锦旗红巴拉和阿鲁柴登发现春秋晚期和战国晚期的匈奴墓葬，出土有以各种动物纹为特征的金银妆饰品和铁器，即当时匈奴的遗物。

　　秦始皇二十六年（公元前221年），秦统一中国，在全国推行郡县制。当时，匈奴仍游牧于河套，经常侵袭秦朝北境。秦始皇三十二年（公元前215年），派大将蒙恬发兵30万，北击匈奴，迫其北退700余里，河套地区归秦所领。秦朝在河套北部设置九原郡，杭锦旗当时属于九原郡。秦朝廷徙内地民户到河套地区居住生产，充实边防。秦末，政局动荡，战乱频繁，所徙居民散，匈奴复居河套地域。

　　汉初，与匈奴和亲修好，双方相安无事。汉武帝时，国力强盛，开始对匈奴主动征战。公元前127年，将军卫青率大军出云中西进，击败匈奴，收复河套，汉武帝接受主父偃建议，决计把河套地区经营为抵御匈奴的“攘外之本”，动用10余万人，耗费“数十百巨万”，于杭锦旗沙日召地区再建朔方城，为朔方郡治。现旗境悉归朔方郡。朔方郡领数县，锡尼镇北库布其沙漠中有广牧县，沙日召一带为朔方县，巴拉亥一带为活野县，浩绕柴达木一带为大城县，毛布拉孔兑沟下游地区则有渠搜县和呼遒县，胜利乡带为修都县。沃野县还设有盐官。

　　初始元年（公元9年），王葬篡权，建立新朝，改朔方郡为沟搜郡。东汉光武五年（公元29年），割据者卢芳在匈奴的支持下称帝于五原，战据朔方、云中等郡。建安七年（公元31年），卢芳建制的朔方郡太守投降东汉。

　　东汉初期，将朔方郡直属并州，郡治移到临戎县，杭锦旗仍属朔方郡。建武二十四年（公元48年），匈奴分为南北二部，南匈奴附东汉，入居朔方等郡地，助汉防守。建安二十年（公元215年），曹操平息北方割据势力，但仍无法维持有效统治，减朔方等郡。杭锦旗复为匈奴、鲜卑、乌桓、羌等民族的游牧地。

　　两晋十六国时期，杭锦旗先后归属前赵、后赵、前秦、后秦、西燕、大夏等国。

　　太延五年（公元439年），北魏统一黄河流域。太安二年（公元456年），于杭锦旗东北部置代名郡，领呼遒、渠搜二县。汉广牧县、临戎县故城此时仍存留，被称做甘草城、贺葛真城。其时，东胡后裔柔然强盛于大漠南北。为拱卫首都单城，防止柔然南进，北魏在北境设6个军事据点，称“六镇”。其中，沃野镇位于杭锦旗北部巴拉亥地区（北魏中期迁到汉朔方故城，北魏末年迁到今五原北）。隋朝，杭锦旗北部和西北部分属五原郡之九原县、永丰县。

   公元618年，唐朝建立，将隋时的郡改为州，杭锦旗为丰州地。丰州城位于格更召苏木境内的