杭锦旗位于鄂尔多斯高原西北部，东与达拉特旗、东胜区接壤，南与伊金霍洛旗、乌审旗为邻，西与鄂托克旗毗连，北与巴彦津尔市隔黄河相望。地跨鄂尔多斯高原与河套平原，地理座标位于东经116°55ˊ16〞——109°16ˊ08〞、北纬39°22ˊ22〞——40°52ˊ47〞之间。